学科建设围绕“作物驯化与全基因组分子育种”和“生物工程和基因组辅助育种”两个方向展开：

 作物驯化与全基因组分子育种：

作物驯化与全基因组分子育种涵盖内容广泛深厚，既包括作物种类及作物驯化原理、现代农业生产方式及种业、传统育种与分子育种等概括基础内容，也注重技术技能的培养，如分子标记与遗传图谱的构建，QTL定位及图位克隆等内容。在新一代高通量测序技术快速发展应用和测序成本下降的大背景下，在教授遗传育种基础知识的同时，增加全基因组关联分析、基于测序技术的基因分型等新内容，同时开展相关实验操作，旨在向学生普及农业及育种知识，拓宽学生知识面，培养学生对遗传育种的兴趣，为遗传育种与农业发展储备技术人才。

生物工程及基因组辅助育种：

随着新一代测序技术的出现（NGS），人们已经能够获取越来越多的基因组序列，能够预测越来越多的新基因，并不断揭示基因功能和疾病分子机制，阐明物种进化关系及基因组的内在结构。目前越来越多哺乳动物，特别是具有重要经济性状的家禽、家畜基因组的测序及组装已经完成，我们需要对其基因组特征、基因功能、表性特征的遗传基础乃至进化历史进行深入阐述，在理解其基因组信息的基础上，利用生物工程技术对潜在的影响经济性状的基因加以修饰，如过表达或敲除，在不改变其他基因组信息的基础上对目的基因进行定向研究，以加速特定品系培育的进程，并为特定物种在其他领域的应用奠定基础。