刘林（liulin4@genomics.cn），生物信息学博士，深圳市高层次人才（海外），盐田区凤凰梧桐高层次人才。2020年博士毕业于德国柏林自由大学数学和计算机学院，后加入华大生命科学研究院任生物信息副研究员。主持国家自然科学基金青年科学基金1项，单位自主研发项目若干。在“Nature communications”、“Briefings in Bioinformatics”、“GigaScience”等本领域高水平期刊以第一作者、共同第一作者及通讯作者发表SCI论文多篇。申请发明专利6项，发表软件著作权1项。
研究方向：生命组学大数据解析算法与AI , 生物组学大模型，生物信息，深度学习，AI in biology
现任岗位：华大研究院华中分院智能所AI算法研发-生物信息副研究员
教育背景：柏林自由大学生物信息学 博士学位
参与项目：
[1] 国家自然科学基金青年科学基金项目 （32500577），在研，主持，2026.01-2028.12
论文：
[1] Tongxuan Lv, Yong Zhang, Junlin Liu, Qiang Kang and Lin Liu, Multi-omics integration for both single-cell and spatially resolved data based on dual-path graph attention auto-encoder, Briefings in Bioinformatics, 2024.
[2] Chao Zhang, Lin Liu, Yang Zhang, Mei Li, Shuangsang Fang, Qiang Kang, Ao Chen, Xun Xu, Yong Zhang, Yuxiang Li, spatiAlign: an unsupervised contrastive learning model for data integration of spatially resolved transcriptomics[J]. GigaScience, 2024, 13: giae042.
[3] Rongbo Shen, Lin Liu, Zihan Wu, Ying Zhang, Zhiyuan Yuan, Junfu Guo, Fan Yang, Chao Zhang, Bichao Chen, Wanwan Feng, Chao Liu, Jing Guo, Guozhen Fan, Yong Zhang, Yuxiang Li, Xun Xu and Jianhua Yao, Spatial-ID: a cell typing method for spatially resolved transcriptomics via transfer learning and spatial embedding, Nature Communications, 2022, 13(1).
[4] Lin Liu and Alexander Bockmayr, Regulatory dynamic enzyme-cost flux balance analysis: A unifying framework for constraint-based modeling, Journal of Theoretical Biology, 2020, 501:110317.
[5] Lin Liu and Alexander Bockmayr, Formalizing Metabolic-Regulatory Networks by Hybrid Automata, Acta Biotheoretica, 2019, 68: 73-85.
