张勇（zhangyong2@genomics.cn），男，哥本哈根大学生物信息博士，2010年参加工作，华大研究院智能所主任科学家，AVS-G国家基因数据压缩标准工作组联合组长，作为核心骨干参与国家重点研究计划“精准医学研究”重点专项等多个科研项目，建立了我国自主的基因数据压缩标准，开发了多项自主知识产权的生物信息处理工具和分析系统。在生信大数据系统方面，主导建设了华大大数据平台核心-生命大数据处理平台和DCS智能分析云平台，支持生信大数据自动化计算，数据仓库管理和可视化、交互式数据分析等功能，并领导建立了华大数据金标准和国家基因数据压缩标准，发表了5项团体标准和多项企业标准。在生物信息算法软件方面，先后主导开发大规模并行生物信息软件SOAPgaea、SOAPMetaS和SOAPnuke等，数据压缩软件seqarc，低深度变异检测工具BGI-lowpass，时空单细胞处理工具SAW、Stereopy等，支持了数百PB的数据处理。发表文章20多篇，其中一作和通讯8篇，申请专利20多项，软著10余项。
研究方向：生物大数据方向，主要包含生物信息AI算法、高性能存算工具和分析云平台系统三个方向
现任岗位：华大研究院 华中分院 智能所 主任科学家
教育背景：哥本哈根大学 生物信息 博士
参与项目：
1.DCS组学大模型，华大自主科研项目
2.时空组学技术-生信算法工具和云平台研发，华大自主科研项目
3.DCS云平台，华大自主科研项目
4.科技部, 国家重点研发专项, 2022YFF1202100, 高准确、全类型TB级通量测序数据实时分析系统,2022-11 至 2025-10, 1500万元, 在研, 骨干
论文：
1.Cao, L. et al. Deciphering spatial domains from spatially resolved transcriptomics with Siamese graph autoencoder. GigaScience 13, giae003 (2024).
2.Luo, X. et al. GSC: efficient lossless compression of VCF files with fast query. GigaScience 13, giae046 (2024).
3.Zhang, C. et al. spatiAlign: an unsupervised contrastive learning model for data integration of spatially resolved transcriptomics. GigaScience 13, giae042 (2024).
4.Xia, T. et al. ST-GEARS: Advancing 3D downstream research through accurate spatial information recovery. Nat. Commun. 15, 7806 (2024).
5.Fang, S. et al. Stereopy: modeling comparative and spatiotemporal cellular heterogeneity via multi-sample spatial transcriptomics. bioRxiv 2023.12.04.569485 (2023) doi:10.1101/2023.12.04.569485.
6.Xu, H. et al. Deep sequencing of 1320 genes reveals the landscape of protein-truncating variants and their contribution to psoriasis in 19,973 Chinese individuals. Genome Res 31, 1150–1158 (2021).
7.He, S. et al. SOAPMetaS: profiling large metagenome datasets efficiently on distributed clusters. Bioinformatics (2020) doi:10.1093/bioinformatics/btaa697.
8.Zhang, Y. et al. SOAPTyping: an open-source and cross-platform tool for sequence-based typing for HLA class I and II alleles. Bmc Bioinformatics 21, 295 (2020).
9.Liu, S. et al. Genomic Analyses from Non-invasive Prenatal Testing Reveal Genetic Associations, Patterns of Viral Infections, and Chinese Population History. Cell 175, 347-359.e14 (2018).
10.Chen, A. et al. Single-cell spatial transcriptome reveals cell-type organization in the macaque cortex. Cell 186, 3726-3743.e24 (2023).
ORCID链接：https://orcid.org/0000-0001-9950-1793
