张楠楠(zhangnannan1@genomics.cn),助理研究员,生物技术副研究员。北京理工大学硕士学历、累计发表SCI论文6篇、申请专利3项,主要研究极端环境中样本开发与应用。
研究方向:本项目组专注于解决极端生命研究中样本采集难度大、样本质量较差、保留原位信息等一系列难题和重要需求。通过建立一个适用于极端生命研究的多组学实验技术平台和开发一系列成本可控、可扩展、可推广的技术来解决极端环境样本前处理问题,例如微生物单细胞基因组测序、极端环境微生物长读长测序、极端环境微生物宏转录组等。这些技术将为后续大规模、深入的科研工作和生物资源开发利用提供必要的技术支持。
现任岗位:华大研究院 三亚分院 数字化地球所 生物技术副研究员
教育背景:北京理工大学 生物学 硕士
参与项目:
1.全球冷水珊瑚基因集:累计收集冷水珊瑚70余种,累计收集数据量3T,攻克深海珊瑚基因组DNA获取难题,完成12个冷水珊瑚基因组测序与组装,完成近20种珊瑚线粒体基因组组装,分为3个课题方向展开研究,线粒体系统发育研究、珊瑚共生、珊瑚比较基因组学。
2.深海大生物单细胞与时空图谱绘制:参与深海管虫、贻贝,深渊狮子鱼等重要器官时空图谱绘制,单细胞图谱绘制。
3.建立系统的极端环境疑难样本前处理方案:已解决万米深渊样本、钩虾、深海珊瑚等样本处理难题。
4.多次参与深海科考,并在TS2-21南海冷泉航次,完成1800米冷泉HM2-HM3下潜作业一次。
论文:
1.Molecular phylogenetic relationship based on mitochondrial genomes within novel deep-sea corals (Octocorallia: Alcyonacea) insights into the slow evolution and adaptation of the extreme deep-sea environment DOI: 10.24272/j.issn.2095-8137.2023.039/ Zoology research 一作
2.Multiscale topology classifies and quantifies cell types in subcellular spatial transcriptomics/ Nature 参与
3.A single-cell transcriptome atlas of the West African lungfish highlights the respiratory evolution of a fish adapted to water and land/ Nature communications 参与
4.Spatialhy-resohved single cell atlas of ascidian endostyie provides inslghts into the origin of verebrate pharyngeal orzans/ Science Advances 参与
5.Single-cell Stereo-seq reveals induced progenitor cells involved in axolotl brain regeneration/Science 参与
6.The Mitogenomic Landscape of Hexacorallia Corals insight into their slow evolution/international journal of molecular science 参与


