杨琛涛（yangchentao@genomics.cn），2014年加入华大创新班，2015年毕业于西北工业大学大学生命学院，在数字化地球所从事动物基因组研究，深圳市国家级领军人才，盐田区凤凰梧桐A类人才，担任GigaScience，Biodiversity Data Journal等杂志的审稿人。主要关注二倍体动物基因组研究，在基因组组装，比较基因组学，物种适应性进化等方向有着超过10年的研究积累。在Nature，Cell Research，NAR等杂志累计发表文章26篇，其中一作和共一作文章8篇。
研究方向：
1.利用高通量测序平台开发DNA条形码技术和线粒体基因组装，开发了一系列方法学和生信工具，相关论文发表在Nucleic Acids Research、GigaScience、BMC Genomics等杂志上，参与开发的线粒体基因组装软件(MitoZ)的文章入选2019年中国百篇最具影响国际学术论文,目前引用超过700次。
2.通过多组学测序工具构建高质量脊椎动物参考基因组，利用比较基因组和群体遗传学方法解析遗传变异、基因组进化、物种形成等生物学问题。参与多个国际合作项目，包括脊椎动物基因组联盟(VGP)和人类泛基因组联盟(HPRC)。2021年主导完成了狨猴二倍体基因组解析，提出“完美基因组”概念，强调二倍体细胞中的两套基因组应独立组装至染色体水平，并尽量减少测序漏洞。通过比较父母本基因组序列，刷新了对遗传信息差异的认识，并分析了与生长发育相关的基因，展示了狨猴作为医学模式物种的遗传基础。这些研究成果在神经退行性疾病、生殖生物学和药物动力学等多个领域具有重要应用潜力。2023年构建了首个汉族人二倍体完整基因组，单碱基错误率接近百万分之一。展示了在着丝粒区域人类基因组在个体和单倍体水平都存在显著差异。同时也通过大规模队列数据表明了该基因组作为东亚人参考基因组的优势，这一成果将作为未来东亚人群基因组研究的重要参考，为精准医学研究提供了宝贵的数据支持。
现任岗位：华大研究院 粤港澳分院 数字化地球研究所 基因组共性技术负责人 生物信息副研究员
教育背景：西北工业大学 生物技术 本科
参与项目：
1.【内部科研项目】万种脊椎动物基因组计划中的狨猴基因组研究
2.【内部科研项目】中国人二倍体T2T基因组研究
3.【内部科研项目】人类泛基因组联盟二倍体组装方法学研究
4.【内部科研项目】基于高通量测序技术开发DNA条形码测序技术
5.【科技项目】深圳市自由探索项目-基于千种昆虫转录组数据进行昆虫与真菌共生物的研究，实际负责人
6.【科技项目】国家科技支撑计划项目-疑难检疫有害生物全基因组测序及条形码基因筛选项目，参与
7.【科技项目】863计划-基于DNA条形码的快速检测与分类关键技术项目，参与
论文：
1.Yang, C., Zhou, Y., Song, Y., Wu, D., Zeng, Y., Nie, L., ... & Zhang, G. (2023). The complete and fully-phased diploid genome of a male Han Chinese. Cell Research, 33(10), 745-761.
2.Yang, Chentao, Yang Zhou, Stephanie Marcus, Giulio Formenti, Lucie A. Bergeron, Zhenzhen Song, Xupeng Bi et al. "Evolutionary and biomedical insights from a marmoset diploid genome assembly." Nature (2021): 1-9.
3.Yang, Chentao, and Guojie Zhang. "Callithrix jacchus (the common marmoset)." Trends in genetics: TIG (2021): S0168-9525.
4.Yang, Chentao, Yuxuan Zheng, Shangjin Tan, Guanliang Meng, Wei Rao, Caiqing Yang, David G. Bourne et al. "Efficient COI barcoding using high throughput single-end 400 bp sequencing." BMC genomics 21, no. 1 (2020): 1-10.
5.Chen, Q., Yang, C., Zhang, G., & Wu, D. (2024). GCI: a continuity inspector for complete genome assembly. Bioinformatics, 40(11), btae633.
6.Jarvis, Erich D., Giulio Formenti, Arang Rhie, Andrea Guarracino, Chentao Yang, Jonathan Wood, Alan Tracey et al. "Semi-automated assembly of high-quality diploid human reference genomes." Nature 611, no. 7936 (2022): 519-531.
7.Toh, Huishi, Chentao Yang, Giulio Formenti, Kalpana Raja, Lily Yan, Alan Tracey, William Chow et al. "A haplotype-resolved genome assembly of the Nile rat facilitates exploration of the genetic basis of diabetes." BMC biology 20, no. 1 (2022): 1-21.
8.Meng, Guanliang, Yiyuan Li, Chentao Yang, and Shanlin Liu. "MitoZ: a toolkit for animal mitochondrial genome assembly, annotation and visualization." Nucleic acids research (2019).
9.Liu, Shanlin, Chentao Yang, Chengran Zhou, and Xin Zhou. "Filling reference gaps via assembling DNA barcodes using high-throughput sequencing–moving toward barcoding the world." GigaScience(2017).
10.Liu, Shanlin, Michael V. Westbury, Nicolas Dussex, Kieren J. Mitchell, Mikkel-Holger S. Sinding, Peter D. Heintzman, David A. Duchêne et al. "Ancient and modern genomes unravel the evolutionary history of the rhinoceros family." Cell 184, no. 19 (2021): 4874-4885.
Google scholar 链接：https://scholar.google.com/citations?user=-WcQRI4AAAAJ&hl=en
Research Gate 链接：https://www.researchgate.net/profile/Chentao-Yang-2
Github主页：https://github.com/comery
