许春艳(xuchunyan@genomics.cn),华大高级信息分析工程师,硕士研究生。目前参与发表SCI论文共14篇,其中并列第一作者5篇、包括Nature communications和Nature plants等期刊,主导完成软著申请4项,重点参与已受理的专利申请3项。
研究方向:主要研究方向为动植物基因组、时空转录组和单细胞分析等,重点负责科研合作大项目执行,包括项目整体的方案设计、数据分析、文章撰写等工作。熟练基因组装、注释、进化以及比较基因组学的分析和贯穿组学关联分析、目前重点研究方向为动植物单细胞和空间转录组方向,负责和参与多个动植物时空单细胞、以及空间多组学联合分析。
现任岗位:华大研究院 海南分院 地球所 高级信息分析工程师
教育背景:香港中文大学 基因组学及生物信息学 硕士
参与项目:
1.水稻雌配子体发育时空单细胞研究:水稻雌配子体发育是决定水稻育性的一个关键发育过程,但是对其发育机理的研究进展缓慢,该项目通过对水稻雌蕊发育的关键时期取样,进行空间转录组和单细胞测序,用于解析雌配子体发育过程中的细胞命运与命运决定的分子机制。作为项目负责人,负责项目整体沟通设计和分析执行等工作,目前项目已完成测序和前期基本数据分析,正在进行个性化分析和文章框架搭建。
2.樟树基因组项目:该项目对重要的进化节点木兰纲下植物樟树基因组进行de novo测序,研究其进化位置及进行比较基因组分析,同时再结合转录组及重测序数据,重点研究樟树属内不同种间的亲缘关系,同时对其重要的精油成分的关键调控基因进行挖掘。作为项目负责人,负责整个项目的执行、包括合作沟通,方案设计,数据分析、多方沟通协调和文章初稿撰写,修稿,到最终文章发表的各项工作。该项目成果于2022年9月在国际期刊Horticulture Research上正式发表。
3.香蕉B基因组项目:该项目通过三代测序、组装等获得香蕉B基因组,然后进行该物种生物特性问题研究和分析,包括比较基因组学研究,分析香蕉A,B亚基因组在进化上的差异。结合重测序数据,分析异源多倍体香蕉品种中,亚基因组的多态性差异,及同源交换事件等。作为项目负责人,负责整个项目的方案设计、信息分析、多方沟通协调和文章修稿等各项工作。该项目研究成果最终顺利发表国际期刊Nature Plants上。
4.石榴基因组项目:该项目对石榴基因组进行破译,进行进化及比较基因组分析,主要研究包括:石榴果实形态的发育研究,石榴有双层珠被,外珠被发育成外种皮,且膨大成重要的食用部位,所以基于正选择分析,来研究和筛选石榴外种皮特异性膨大机制和候选基因,以及次鞣花酸、安石榴苷等重要功能性成分的代谢通路等。最终研究成果顺利发表在The Plant Journal上。
论文:
1.Yuan, J., Jiang, S., Jian, J., Liu, M., Yue, Z., Xu, J., ... & Hu, Y. (2022). Genomic basis of the giga-chromosomes and giga-genome of tree peony Paeonia ostii. Nature Communications, 13(1), 7328.
2.Wang, X. D., Xu, C. Y., Zheng, Y. J., Wu, Y. F., Zhang, Y. T., Zhang, T., ... & Jiang, X. M. (2022). Chromosome-level genome assembly and resequencing of camphor tree (Cinnamomum camphora) provides insight into phylogeny and diversification of terpenoid and triglyceride biosynthesis of Cinnamomum. Horticulture Research, 9, uhac216. (并列一作)
3.Yang, Y., Huang, L., Xu, C., Qi, L., Wu, Z., Li, J., ... & Qin, W. (2021). Chromosome‐scale genome assembly of areca palm (Areca catechu). Molecular ecology resources, 21(7), 2504-2519. (并列一作)
4.Chen, S., Wang, Y., Yu, L., Zheng, T., Wang, S., Yue, Z., ... & Yang, C. (2021). Genome sequence and evolution of Betula platyphylla. Horticulture research, 8.
5.Wang, Z., Miao, H., Liu, J., Xu, B., Yao, X., Xu, C., ... & Jin, Z. (2019). Musa balbisiana genome reveals subgenome evolution and functional divergence. Nature plants, 5(8), 810-821. (并列一作)
6.Li, M., Zhang, D., Gao, Q., Luo, Y., Zhang, H., Ma, B., ... & Xue, Y. (2019). Genome structure and evolution of Antirrhinum majus L. Nature Plants, 5(2), 174-183.
7.Harkess, A., Zhou, J., Xu, C., Bowers, J. E., Van der Hulst, R., Ayyampalayam, S., ... & Chen, G. (2017). The asparagus genome sheds light on the origin and evolution of a young Y chromosome. Nature communications, 8(1), 1279. (并列一作)
8.Qin, G., Xu, C., Ming, R., Tang, H., Guyot, R., Kramer, E. M., ... & Xu, Y. (2017). The pomegranate (Punica granatum L.) genome and the genomics of punicalagin biosynthesis. The Plant Journal, 91(6), 1108-1128. (并列一作)


