徐梦阳（xumengyang@genomics.com），博士，毕业于美国纽约州立大学物理专业。现工作于深圳华大生命科学研究院，副研究员（副高），主要从事空间多组学、基因组测序、组装等生物信息算法设计及软件开发工作。在 Cell、Nature Communications等国际学术刊物发表SCI论文38篇（第一作者或通讯16篇），EI论文8篇（第一作者4篇）。完成专利申请5项和软件著作权登记12项。共14次在国际基因组学大会、数学与生物信息交叉科学研讨会、国际红外毫米波-太赫兹会议、国际蛋白质学会、美国生物物理学会等顶尖学术会议上发表重要报告。担任第16届国际基因组学大会板块主席，主持第17届国际基因组学大会分会场。担任Genome Biology等期刊审稿人。获得深圳市孔雀人才、深圳市“梧桐凤凰”人才等称号。获得国际蛋白质学会蛋白质科学青年学者奖，国际光学工程学会光学与光电学教育奖，国际太赫兹设备及技术年会杰出展示奖，纽约州立大学学位论文奖学金、Silvestro奖学金、CAMBI奖学金，中国人民大学光华奖学金。现主持国家自然科学基金项目1项，参与省级自然科学基金重点项目1项，完成市级应用基础研究项目1项。已参与4项美国国家科学基金会、美国能源部资助的大型科研项目，项目总值超过230万美元。已培养本科创新班学生2人，国科大硕士研究生2人。大连理工大学国际博士研究生联合培养企业指导教师。
研究方向：基于AI的基因组学、细胞组学、时空多组学的算法开发和蛋白功能挖掘
现任岗位：华大研究院 青岛分院 数字化地球所 生物信息副研究员
教育背景：美国纽约州立大学 物理 博士
参与项目：
1.国家自然科学基因委员会，青年科学基金项目，基于家系特征的三代测序数据污染过滤模型和算法应用，32100514，主持
2.山东省科技厅，自然科学基金重点项目，肿瘤新抗原识别算法研究，ZR2020KC021，参与
3.青岛市科技局，应用基础研究计划，穿越基因“百慕大”：三代测序技术提升基因从头组装的理论研究和算法应用，19-6-2-33-cg，主持
4.DOE, Photosynthesis Protein Collective Vibrations Role in Energy Transfer and Dissipation, DE-SC0016317, 参与
5.NSF, Impact of Collective Motions on Protein Function, 1616529, 参与
6.NSF, IDBR: TYPE A: Auto-CATM Development: An Instrument for Dynamical Fingerprinting, 1556359, 参与
7.NSF, MRI-R^2: Development of STIM and DATS for Protein and Nanosystem Characterization, 0959989, 参与
论文：
1.ST-GEARS: Advancing 3D downstream research through accurate spatial information recovery. T Xia, et al. (2024) Nature Communications 15 (1), 7806.
2.AsmMix: an efficient haplotype-resolved hybrid de novo genome assembling pipeline. C Liu, et al. (2024) Frontiers in Genetics 15, 1421565.
3.VT3D: a visualization toolbox for 3D transcriptomic data., L Guo, et al. (2023) Journal of Genetics and Genomics 50 (9), 713-719.
4.The enormous repetitive Antarctic krill genome reveals environmental adaptations and population insights. C Shao, et al. (2023) Cell 186 (6), 1279-1294. e19.
5.The complete and fully-phased diploid genome of a male Han Chinese. C Yang, et al. (2023) Cell Research 33 (10), 745-761.
6.Symbiont-screener: a reference-free tool to separate host sequences from symbionts for error-prone long reads. M Xu, et al. (2023) Frontiers in Marine Science 10, 1087447.
7.MetaTrass: A high‐quality metagenome assembler of the human gut microbiome by cobarcoding sequencing reads. Y Qi, et al. (2023) iMeta 1 (4), e46.
8.Accurate haplotype-resolved assembly reveals the origin of structural variants for human trios. M Xu, et al. (2021) Bioinformatics 37 (15), 2095-2102.
9.TGS-GapCloser: a fast and accurate gap closer for large genomes with low coverage of error-prone long reads. M Xu, et al. (2020) GigaScience 9 (9), giaa094.
10.Protein and RNA dynamical fingerprinting. KA Niessen, et al. (2019) Nature communications 10 (1), 1026.
Google scholar 链接：https://scholar.google.com/citations?user=-5bxYT0AAAAJ&hl=en
