沈玥（shenyue@genomics.cn），研究员，博士生导师，深圳华大生命科学研究院合成生物学首席科学家，华大工程生物学长荡湖研究所所长，国家重点研发计划项目首席科学家，“国家优秀青年科学基金”获得者，“广东特支计划”科技创新青年拔尖人才，ISO/IEC生物数字融合工作组专家。担任《BioDesign Research》期刊副主编，《合成生物学》期刊及合成生物学丛书编委。在国内外高水平期刊Nature Communication，ACS Synbio，Nature Computational Science，Cell Genomics，Quantitative Biology担任审稿人。主持/参加国家省市基金项目17项。在Science等杂志发表论文58篇，申请发明专利43项，授权专利25项，软件著作权25项，主导起草国际、国家标准与省市地方等标准12项，作为主编编写专著《基因组合成生物学》，获得国家出版基金项目资助，编制国内首部DNA存储行研报告《DNA存储蓝皮书》。成果入选“2017 年中国科学十大进展”、“2019年度天津市自然科学特等奖”、“2021年深圳市科学技术奖自然科学类一等奖”、“2022年度深圳市科学技术奖标准奖”。沈玥博士致力于合成生物学使能技术开发及下游应用探索研究。作为合成基因组学领域里程碑项目“酵母基因组合成国际计划（Sc2.0 project）”的中国协作组代表之一，主导完成3条酿酒酵母染色体的设计与合成工作，并在该过程中建立一系列合成基因组学的技术与方法，分别在Science、Cell Genomics以封面及专刊形式发表酵母两条染色体从头合成的研究成果，标志着世界首个真核生物全部染色体的从头设计与合成正式完成，且我国成为继美国之后第二个掌握真核生物基因组设计构建能力的国家。突破“卡脖子”技术，开发了自主知识产权高通量芯片DNA合成设备，实现高保真DNA合成，并建立从DNA合成技术、产品、生物安全和实验室环境全链条的ISO、国标等标准，在深圳与常州实现了基于该设备的规模化合成平台建设并启动技术转化，开展对外技术服务。发展人工合成染色体可控重排与密码子重编程方法，实现以酵母为模式系统的真核密码子拓展系统建立。瞄准如何利用碳基介质（即DNA）进行高密度数据存储的问题，通过DNA存储“写-存-读”相关技术的研究，打造全流程的自主技术闭环，成为全球唯一一家能实现全流程自主技术贯穿的机构，建立了生物与信息融合（BT与IT融合）的大数据存储新范式，取得了广泛的社会影响力。
研究方向：合成生物学，DNA合成关键技术与工具，DNA信息存储技术，基因组合成与编辑
现任岗位：华大研究院 合成生物学 首席科学家；华大工程生物学长荡湖研究所 所长
教育背景：爱丁堡大学 生物化学与分子生物学 博士
参与项目：
1.国家重点研发计划，真核生物中高效的基因密码子拓展系统开发，2024.12-2029.11，课题负责人。
2.国家自然科学基金优秀青年科学基金项目，合成基因组学，2024.01.01-2026.12.31，项目负责人。
3.国家重点研发计划，基于DNA 原理的高密度安全存储系统研发与生物大数据应用示范，2021.12-2024.11，项目负责人。
4.深圳市优青项目，高通量DNA合成技术及装备研制，2022.04.01-2025.04.01，项目负责人。
论文：
1.Zhou, C., Wang, Y., Huang, Y., An, Y., Fu, X., Yang, D., ... & Huang, W. (2024). The de novo design and synthesis of yeast chromosome XIII facilitates investigations on aging. Nature Communications, 15(1), 10139.
2.Shen, Y., Gao, F., Wang, Y., Wang, Y., Zheng, J., Gong, J., ... & Cai, Y. (2023). Dissecting aneuploidy phenotypes by constructing Sc2. 0 chromosome VII and SCRaMbLEing synthetic disomic yeast. Cell genomics, 3(11).
3.Chang, T., Ding, W., Yan, S., Wang, Y., Zhang, H., Zhang, Y., ... & Fu, X. (2023). A robust yeast biocontainment system with two-layered regulation switch dependent on unnatural amino acid. Nature Communications, 14(1), 6487.
4.Zhang, H., Fu, X., Gong, X., Wang, Y., Zhang, H., Zhao, Y., & Shen, Y. (2022). Systematic dissection of key factors governing recombination outcomes by GCE-SCRaMbLE. Nature Communications, 13(1), 5836.
5.Ping, Z., Chen, S., Zhou, G., Huang, X., Zhu, S. J., Zhang, H., ... & Shen, Y. (2022). Towards practical and robust DNA-based data archiving using the yin–yang codec system. Nature Computational Science, 2(4), 234-242.
6.平质, 张颢龄, 陈世宏, 倪鸣, 徐讯, 朱砂, & 沈玥. (2021). Chamaeleo: DNA 存储碱基编解码算法的可拓展集成与系统评估平台. 合成生物学, 2(3), 412.
7.Shen, Y., Wang, Y., Chen, T., Gao, F., Gong, J., Abramczyk, D., ... & Yang, H. (2017). Deep functional analysis of synII, a 770-kilobase synthetic yeast chromosome. Science, 355(6329), eaaf4791.
8.Shen, Y., Stracquadanio, G., Wang, Y., Yang, K., Mitchell, L. A., Xue, Y., ... & Bader, J. S. (2016). SCRaMbLE generates designed combinatorial stochastic diversity in synthetic chromosomes. Genome research, 26(1), 36-49.
