张颖（Zhangying13@genomics.cn），博士。血浆游离核酸作为妊娠并发症的无创生物标志物具有很大的前景，本课题组致力于结合长读长测序特有的分子特征和表观遗传信息，开发新的实验和分析方法，应用统计及人工智能算法进行数据挖掘和知识发现，寻找潜在的疾病或遗传病分子标志物，无创监测个体的生理状况。同时，课题组依托华大自主研发的时空组学技术，应用空间组学解读发育过程中的重要事件，构建数据资源库以及有效地可视化结果，推动生殖生育和新生儿生长发育过程中的重要器官和组织发育机制研究，为出生缺陷与发育异常提供一定的理论参照和基础。
研究方向：长读长测序，空间转录组，多组学，修饰，表观基因组，表观转录组，蛋白质翻译后修饰
现任岗位：华大研究院 精准所 生物信息副研究员
教育背景：华中科技大学 生物医学工程（生物信息技术） 博士
参与项目：
1.基于纳米孔测序数据探索胚胎发育过程中RNA修饰与其他RNA代谢过程如可变剪接、polyA位点选择、polyA长度的调控关系；
2.结合长读长基因组和转录组测序数据，建立下游的分析流程有效鉴定胚胎发育过程中具有调控功能的遗传印记基因，揭示基因组重复序列的表观遗传规律；
3.结合高通量蛋白质组及翻译后修饰组学数据，结合翻译后修饰的调控关系以及蛋白质的功能构建网络，并搭建酵母高通量筛选平台或芯片技术，有效鉴定具有重要调控作用的功能蛋白或翻译后修饰，揭示潜在的调控机制；
4.收录与重要生物过程相关的调控蛋白/蛋白质翻译后修饰，并整合现有的数据库资源，构建全面的涵盖多物种多层次信息的功能数据库；并结合针对性的数据库资源构建机器学习模型，有效促进对潜在的功能蛋白进行筛选及实验设计，大幅提高实验验证环节的有效性。
论文:
1.Zhang Y#, Xie Y#, Liu W, Deng W, Peng D, Wang C, Xu H, Ruan C, Deng Y, Guo Y, Jian Ren, Xue Y. DeepPhagy: a deep learning framework for quantitatively measuring autophagy activity in Saccharomyces cerevisiae. Autophagy (IF=16.02), 2019 Jun 20:1-15.
2.Li S#, Shui K#, Zhang Y# (co-first author), Lv Y, Deng W, Ullah S, Zhang L, Xue Y. CGDB: a database of circadian genes in eukaryotes. Nucleic acids research (IF=16.97), 2017; 45: D397-D403.
3.Ying Shi#, Zhang Y# (co-first author), Shaofeng Lin, Chenwei Wang, Jiaqi Zhou, Di Peng, Xue Yu. dbPSP 2.0, an updated database of protein phosphorylation sites in prokaryotes. Science Data (IF=6.44, 2020; doi: 10.1038/s41597-020-0506-7.
专利：
1.“一种细胞自噬表型的预测方法及装置”。发明专利，CN109191467A。薛宇，张颖，任间
Research Gate 链接：https://www.researchgate.net/profile/Ying-Zhang-51/publications
Google Schorlar 链接：https://scholar.google.com/citations?user=B0DqQIEAAAAJ&hl=en
