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导师

向薛雁

向薛雁(Xiangxueyan@genomics.cn)。拥有10年以上的基因组学研究经验,参与万种动物参考基因组计划、马里亚纳海沟生态环境科研计划(MEER)等国内外大型基因组学合作项目,在Nature、Cell、Nature Ecology & Evolution、Proceedings of the National Academy of Sciences 等杂志发表SCI文章8篇,其中第一作者(含共同)3篇。主要利用基因组、宏基因组、单细胞等组学技术,研究生命演化过程中动物的环境适应性和演化,比如海绵、海星、北极熊等。

研究方向:动物基因组演化

现任岗位:深圳华大生命科学研究院 数字化地球研究所 生物信息副研究员

教育背景:澳大利亚昆士兰大学 生物学 博士

参与项目:       

1.生命演化早期关键无脊椎动物共生系统的研究

海绵和其共生微生物相互作用的研究:通过基因组和转录组的方法发现海绵A. queenslandica和其共生菌可能的互补代谢通路以及信号交流机制。阐释了海绵和其共生微生物一起维持海洋生态系统系统的能量平衡,并且首次在海绵里发现了宿主微生物间的类神经系统交流信号。

2.动物多样性基因组学研究

棘冠海星项目:该研究成果已发表在Nature。

高山倭蛙基因组项目:破译首个“现代蛙类”,该研究成果已发表在PNAS。

赤狐群体基因组项目:解释了赤狐群体驯化的过程,该研究成果已发表在Nature Ecology & Evolution和Genes。

北极熊群体基因组项目:该项目同丹麦、美国、英国等19个科研院校合作,发现了北极熊能适应北极严寒气候的原因,以及其与棕熊的衍化历史。研究成果以封面故事发表在Cell。

沙蜥基因组项目:首次测序了沙蜥基因组,该研究成果已发表在PNAS。

论文:

1.       Xiang X, Vilar Gomez AA, Blomberg SP, Yuan H, Degnan BM, Degnan SM (2023). Potential for host-symbiont communication via neurotransmitters and neuromodulators in an aneural animal, the marine sponge Amphimedon queenslandica. Frontiers in Neural Circuits 17:1250694. doi:10.3389/fncir.2023.1250694.

2.       Xiang, X.Y, D. Poli, B. M. Degnan and S. M. Degnan (2022). Ribosomal RNA-depletion provides an efficient method for successful dual RNA-Seq expression profiling of a marine sponge holobiont. Marine Biotechnology, doi:10.1007/s10126-022-10138-8.

3.       Sun, Y. B., Z. J. Xiong, X. Y. Xiang, S. P. Liu, W. W. Zhou, X. L. Tu, L. Zhong, L. Wang, D. D. Wu, B. L. Zhang, C. L. Zhu, M. M. Yang, H. M. Chen, F. Li, L. Zhou, S. H. Feng, C. Huang, G. J. Zhang, D. Irwin, D. M. Hillis, R. W. Murphy, H. M. Yang, J. Che, J. Wang and Y. P. Zhang (2015). Whole-genome sequence of the Tibetan frog Nanorana parkeri and the comparative evolution of tetrapod genomes. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 112(11): E1257-E1262. (co-first author)

4.       Gao, W., Sun, Y. B., Zhou, W. W., Xiong, Z. J., Chen, L. N., Li, H., Fu, T. T., Xu, K., Xu, W., Ma, L., Chen, Y. J., Xiang, X. Y., Zhou, L., Zeng, T., Zhang, S., Jin, J. Q., Chen, H. M., Zhang, G. J., Hillis, D. M., Ji, X., Zhang, Y. P., & Che, J. (2019). Genomic and transcriptomic investigations of the evolutionary transition from oviparity to viviparity. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 116(9), 3646-3655. doi:10.1073/pnas.1816086116.

5.       Kukekova, A. V., Johnson, J. L., Xiang, X. Y., Feng, S. H., Liu, S. P., Rando, H. M., Kharlamova, A. V., Herbeck, Y., Serdyukova, N. A., Xiong, Z. J., Beklemischeva, V., Koepfli, K. P., Gulevich, R. G., Vladimirova, A. V., Hekman, J. P., Perelman, P. L., Graphodatsky, A. S., O'Brien, S. J., Wang, X., Clark, A. G., Acland, G. M., Trut, L. N., & Zhang, G. J. (2018). Red fox genome assembly identifies genomic regions associated with tame and aggressive behaviours. Nature Ecology & Evolution, 2(9), 1514-1514. doi:10.1038/s41559-018-0664-6.

6.       Rando, H. M., Farre, M., Robson, M. P., Won, N. B., Johnson, J. L., Buch, R., Bastounes, E. R., Xiang, X. Y., Feng, S. H., Liu, S. P., Xiong, Z. J., Kim, J., Zhang, G. J., Trut, L. N., Larkin, D. M., & Kukekova, A. V. (2018). Construction of Red Fox Chromosomal Fragments from the Short-Read Genome Assembly. Genes, 9(6). doi:10.3390/genes9060308.

7.       Hall, M. R., K. M. Kocot, K. W. Baughman, S. L. Fernandez-Valverde, M. E. A. Gauthier, W. L. Hatleberg, A. Krishnan, C. McDougall, C. A. Motti, E. Shoguchi, T. Wang, X. Xiang, M. Zhao, U. Bose, C. Shinzato, K. Hisata, M. Fujie, M. Kanda, S. F. Cummins, N. Satoh, S. M. Degnan and B. M. Degnan (2017). The crown-of-thorns starfish genome as a guide for biocontrol of this coral reef pest. Nature 544(7649): 231-234.

8.       Liu, S. P., E. D. Lorenzen, M. Fumagalli, B. Li, K. Harris, Z. J. Xiong, L. Zhou, T. S. Korneliussen, M. Somel, C. Babbitt, G. Wray, J. W. Li, W. M. He, Z. Wang, W. J. Fu, X. Y. Xiang, C. C. Morgan, A. Doherty, M. J. O'Connell, J. O. McInerney, E. W. Born, L. Dalen, R. Dietz, L. Orlando, C. Sonne, G. J. Zhang, R. Nielsen, E. Willerslev and J. Wang (2014). Population Genomics Reveal Recent Speciation and Rapid Evolutionary Adaptation in Polar Bears. Cell 157(4): 785-794.

Research Gate 链接:

https://www.researchgate.net/profile/Xueyan-Xiang

Google Scholar链接:

https://scholar.google.com/citations?user=RoZ_jh4AAAAJ&hl=zh-CN


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