裴娜（peina@genomics.cn）。深圳市未知病原体应急检测实验室核心骨干成员，病原组学研究中心项目负责人。近年来主要从事病原组学相关研究工作，研究方向为临床耐药病原菌比较基因组学，主要关注临床重要耐药菌耐药基因，毒力鉴定，分子分型，系统发生树构建及全基因组关联分析，为临床病原菌发病、耐药及流行提供指导。同时致力于临床感染大数据转化应用研究，基于宏基因组技术对临床感染大数据进行数据挖掘和解读，并开发基于高精度测序平台的病原相关检测技术，为临床快速病原体检测提供基础。曾获得深圳市盐田区2022年“梧桐凤凰”科研人才奖项。
研究方向：病原基因组学，临床宏基因组学
现任岗位：生物技术副研究员 华大研究院-精准健康研究所
教育背景：博士 分子生物医学 哥本哈根大学
参与项目:
1.临床耐药病原菌比较基因组学（2018-至今）
开展基于病原菌全基因组功能基因注释，分子分型，系统发生树构建，机器学习耐药预测方法，全基因组关联分析寻找新的耐药机制等。
2. 临床感染大数据挖掘和解读（2021-至今）
探索临床感染数据的时空特征，包括临床感染的时间、空间、宿主特征，预期带来传感染监控价值。利用样本量巨大的基因组测序样本，发现未知致病微生物。利用临床信息与大数据分析的科研发现，并结合机器学习技术，提升临床诊断及检测效能。
3.高精度病原检测技术开发（2022-至今）
针对现有病原检测技术现状，开发快速、精准和贴合临床需求的高精度检测技术，
助力精准病原学诊断。
论文:
# 第一和共一作者 *通讯作者
1. Pei N#, Liu X, Jian Z, Yan Q, Liu Q, Kristiansen K, Li J, Liu W. Genome sequence and genomic analysis of liver abscess caused by hypervirulent Klebsiella pneumoniae. 3 Biotech. 2023 Mar;13(3):76. doi: 10.1007/s13205-023-03458-6. Epub 2023 Feb 3. PMID: 36748017; PMCID: PMC9898476.
2. Pei N#, Li Y, Liu C, Jian Z, Liang T, Zhong Y, Sun W, He J, Cheng X, Li H, Lei X, Liu X, Deng Z, Liu Q, Chen X, Yan Q, Kristiansen K, Li J, Liu W. Large-Scale Genomic Epidemiology of Klebsiella pneumoniae Identified Clone Divergence with Hypervirulent Plus Antimicrobial-Resistant Characteristics Causing Within-Ward Strain Transmissions. Microbiol Spectr. 2022 Apr 27;10(2):e0269821.
3. N. Pei#, W. Sun, J. He, Y. Li, X. Chen, T. Liang, et al. Genome-wide association study of Klebsiella pneumoniae identifies variations linked to carbapenems resistance. Frontiers in Microbiology 2022 Vol. 13. DOI: 10.3389/fmicb.2022.997769
4. Liu MC, Jian Z, Liu W, Li J, Pei N*. One Health Analysis of mcr-Carrying Plasmids and Emergence of mcr-10.1 in Three Species of Klebsiella Recovered from Humans in China. Microbiol Spectr. 2022 Oct 26:e0230622. doi: 10.1128/spectrum.02306-22. Epub ahead of print. PMID: 36287001.
5. Miao, Q., Liang, T., Pei, N*. et al. Evaluation of respiratory samples in etiology diagnosis and microbiome characterization by metagenomic sequencing. Respir Res 23, 345 (2022). https://doi.org/10.1186/s12931-022-02230-3.
6. Pei N#, Liu Q, Cheng X, Liang T, Jian Z, Wang S, Zhong Y, He J, Zhou M, Kristiansen K, Chen W, Liu W, Li J : Longitudinal Study of the Drug Resistance in Klebsiella pneumoniae of a Tertiary Hospital, China: Phenotypic Epidemiology Analysis (2013–2018). Infect Drug Resist.17 February 2021 Volume 2021:14 Pages 613—626.DOI: https://doi.org/10.2147/IDR.S294989.
7. Pei N#, Jian Z, Liu Y, Liang T, Liu W, Li J. Draft Genome Sequence of a Polymyxin-Resistant Klebsiella pneumoniae Clinical Strain Carrying mcr-8.1 and blaNDM-5. Microbiol Resour Announc. 2021 Mar 25;10(12):e01224-20.
专利：
1.利用SNP分子标记对肺炎克雷伯菌耐药进化分支的鉴定及应用
软著:
1.细菌核心基因组多位点序列分型分析软件
2.细菌群体并行分析软件
3.细菌全基因组关联分析软件
4.临床宏基因组测序结果病原筛选软件
5.细菌全基因组长短读长混合组装软件
