李杨（liyang13@genomics.cn）。利用空间转录组和单细胞多组学技术，探究免疫学基础问题，如肿瘤免疫微环境的动态变化，免疫系统影响肿瘤发生发展的机制，免疫衰老与人体衰老和疾病的关系等。利用深度学习和大人群数据，构建人体免疫力的评估模型，解析不同疾病状态下，免疫力强弱与疾病发展的相互关系，预测不同治疗方法对疾病的治疗效果及疾病的预后。
研究方向：免疫学，空间多组学
现任岗位：华大研究院超级细胞所专项科学家
教育背景：中国科学技术大学细胞生物学（免疫学方向） 博士
参与项目:
1.安徽省自然科学基金项目，青年项目，1908085QH326，单细胞 ATAC-seq揭示西达苯胺药物治疗逆转急性髓系白血病患者NK 细胞的表观遗 传变化， 2019-07-01 至 2021-06-30，10 万元，结题，主持。
2.国家自然科学基金委员会，面上项目，31970858，单细胞组学研究反复流产患者蜕膜免疫微环境紊乱机制，2020-01-01 至 2023-12-31，58 万元，在研，参与。
3.国家自然科学基金委员会，青年科学基金项目，31700796，乙肝患者不同 T细胞亚群疗效相关表观遗传图谱研究，2018-01-01 至 2020-12-31，24 万元，结题，参与。
4.国家自然科学基金委员会，面上项目，31771428，T 细胞淋巴瘤的表观遗传调控，2018-01-01 至 2021 -12-31，60 万元，结题，参与。
论文:
1.Liu, C., Li, R., Li, Y., Lin, X., Zhao, K., Liu, Q., Wang, S., Yang, X., Shi, X., Ma,Y., et al. (2022). Spatiotemporal mapping of gene expression landscapes and developmental trajectories during zebrafish embryogenesis. Dev Cell. (共同第一作者， IF=13.417)
2.Li, Y., Li, K., Zhu, L., Li, B., Zong, D., Cai, P., Jiang, C., Du, P., Lin, J., and Qu,K. (2021). Development of double-positive thymocytes at single-cell resolution. Genome Med 13, 49. (共同第一作者， IF=15.266)
3.Zong, D., Huang, B., Li, Y., Lu, Y., Xiang, N., Guo, C., Liu, Q., Sha, Q., Du, P.,Yu, Q., et al. (2021). Chromatin accessibility landscapes of immune cells in rheumatoid arthritis nominate monocytes in disease pathogenesis. BMC Biol 19, 79. (共同通讯作者，IF= 7.364)
4.Li, B., Li, Y., Li, K., Zhu, L., Yu, Q., Cai, P., Fang, J., Zhang, W., Du, P., Jiang,C., et al. (2020). APEC: an accesson-based method for single-cell chromatin accessibility analysis. Genome Biol 21, 116. （共同第一作者， IF=17.906）
5.Li, Y., Wu, Y., Zheng, X., Cong, J., Liu, Y., Li, J., Sun, R., Tian, Z.G., and Wei,H.M. (2016). Cytoplasm-Translocated Ku70/80 Complex Sensing of HBV DNA Induces Hepatitis-Associated Chemokine Secretion. Front Immunol 7, 569. （第一作者，IF=8.786）
6.Zhang, R., Feng, Y., Ma, W., Guo, Y., Luo, M., Li, Y., Zang, Y., Dong, X., Lu, S., Guo, Q., et al. (2022). Spatial transcriptome unveils a discontinuous inflammatory pattern in proficient mismatch repair colorectal adenocarcinoma. Fundamental Research.
7.Xie, H., Zhang, W., Zhang, M., Akhtar, T., Li, Y., Yi, W., Sun, X., Zuo, Z., Wei, M., Fang, X., et al. (2020). Chromatin accessibility analysis reveals regulatory dynamics of developing human retina and hiPSC-derived retinal organoids. Sci Adv 6, eaay5247. （IF= 14.957）
8.Li, K., Wu, Y., Li, Y., Yu, Q., Tian, Z., Wei, H., and Qu, K. (2020). Landscape and Dynamics of the Transcriptional Regulatory Network During Natural Killer Cell Differentiation. Genomics Proteomics Bioinformatics. （ IF= 6.409）
9.Wu, Y., Li, Y., Fu, B., Jin, L., Zheng, X., Zhang, A., Sun, R., Tian, Z., and Wei,H. (2017). Programmed differentiated natural killer cells kill leukemia cells by engaging SLAM family receptors. Oncotarget 8, 57024-57038.
专利：
1.《基于峰聚类的单细胞染色质可及性测序数据分析方法和系统》，发明人：瞿昆, 方靖文, 黎斌, 李杨，专利号：ZL 2019 1 0256667.0。（已授权）
2.《一种对位置和错配无法确定的标签序列匹配方法》，发明人：李杨，赵运通，刘怡，朱帆，冯驭，董旋，申请号：202311708807.6。
3.《一种基于序列特征的长读长测序序列拆分方法》，发明人：李杨，赵运通，刘怡，朱帆，冯驭，董旋，申请号：202311707169.6
