倪鸣（niming@genomics.cn），现任华大智造高级副总裁，兼任TC526全国实验室仪器及设备标准化委员会委员。北京大学物理学博士，法国国立卫生研究院(INSERM)博士后，深圳市海外高层次人才，正高级工程师。主要负责基因测序仪、自动化设备、前沿技术等系列关键技术的研发。研究领域包括基因测序技术、生物传感器、微流控技术、光学系统、系统生物学、合成生物学等交叉学科的前沿热点领域。从事科研工作以来，作为项目负责人承担并参与多个国家及省市级重大科研项目，在Plos Genetics, CELL, Nature Machine Intelligence等杂志发表论文10余篇，获授权发明专利53项。曾获中国专利优秀奖、湖北省科技进步二等奖，并获评2019-2021年度青岛西海岸新区劳动先模人物。
研究方向：测序技术、仪器与配套耗材研发
现任岗位：华大智造高级副总裁
教育背景：北京大学凝聚态物理博士研究生
研究摘要
1.带领团队完成基因测序仪BGISEQ-500配套测序芯片的研发与转产；
2.完成测序碱基识别算法开发，建立相关核心研发能力；
3.主导完成长光华大技术团队组建，完成超高通量基因测序光学成像技术研发；
4.主导便携式基因测序仪DNBSEQ E系列及自动化样本处理系统DNBelab D系列从研发立项到产业推广全过程，推动公司基因测序仪向小型化和模块化方向发展，进一步丰富公司产品线等。
参与项目
1.国家科技部科技助力经济2020专项“基于数字微流控技术的小型核酸快检一体机研究及产业化”
2.国家重点研发计划公共安全风险防控与应急技术装备专项“CRISPR核酸快检数字微流控一体机与试剂研发”
3. 深圳市发展改革委重大科技基础设施关键技术和设备研发2019年第一批扶持计划“高通量合成生物模块化平台开发”
4.深圳市战略性新兴产业发展专项“低成本快速简易核酸处理方法和装置”
5.国家重点研发计划精准医学专项项目“新一代基因组测序技术、临床用测序设备及配套试剂的研发”
6.国家863计划“新一代测序仪及配套产品研发”
7.湖北省科技发展创新专项“高通量基因测序仪核心技术测序芯片研发”
8.广东省引进创新科研团队“国际肿瘤基因组创新研究团队”
论文
1. Fajia Sun, Yiming Dong, Ming Ni, Zhi Ping, Yuhui Sun, Qi Ouyang, Long Qian. Mobile and Self-Sustained Data Storage in an Extremophile Genomic DNA. Advanced Science. (2023).
2. Yang Meng, Yueyuxiao Yang, Chenxi Xie, Ming Ni, et al. Contrastive learning enables rapid mapping to multimodal single-cell atlas of multimillion scale. Nature Machine Intelligence: 1-14 (2022).
3. Chen Ao, …, Ming Ni, et al. Spatiotemporal transcriptomic atlas of mouse organogenesis using DNA nanoball-patterned arrays. Cell, 185(10), 1777-1792 (2022).
4. Xu Mengyang, …, Ming Ni, et al. Accurate haplotype-resolved assembly reveals the origin of structural variants for human trios. Bioinformatics 37(15):2095-2102 (2021).
5. 平质, 张颢龄, 陈世宏, 倪鸣, 徐讯, 朱砂, 沈玥. Chamaeleo： DNA存储碱基编解码算法的可拓展集成与系统评估平台.合成生物学 2(3):412-427 (2021).
6. Ulrich K. Steiner, Adam Lenart, Ming Ni, et al. Two stochastic processes shape diverse senescence patterns in a single‐cell organism. EVOLUTION 73(4) 847-857 (2019)
7. Tobias Fehlmann, …, Ming Ni, et al. cPAS-based sequencing on the BGISEQ-500 to explore small non-coding RNAs. Clinical Epigenetics 8:123 (2016)
8. Runze Jiang, …, Ming Ni, et al. A comparison of isolated circulating tumor cells and tissue biopsies using whole-genome sequencing in prostate cancer. Oncotarget 6(42):44781-93 (2015)
9. Ming Ni, Fanette Fontaine, Alice Demarez, Marie-Florence Bredèche, Lydia Robert, Francois Taddei, Ariel B. Lindner. Pre-disposition and epigenetics govern phenotypic variation in bacterial stress response. PLOS Genetics 10.1371/journal.pgen.1003148 (2012)
10. Zhiyuan Li, Ming Ni, Jikun Li, Yuping Zhang, Qi Ouyang, and Chao Tang. Decision making of the p53 network: Death by integration. Journal of Theoretical Biology 271:205-211 (2011)
11. Chunbo Lou, Xili Liu, Ming Ni, et. al. Synthesizing a novel genetic sequential logic circuit: a push-on push-off switch. Molecular Systems Biology. 6:350 (2010)
12. Ming Ni, Si-Yuan Wang, Qi Ouyang. Modeling the SOS Response by Semi-Stochastic Simulation. Chinese Physics Letters. 25: 2702-2705 (2008)
13. Ming Ni, Le Yang, Xi-Li Liu, Qi Ouyang. Fluence-Response Dynamics of the UV-Induced SOS Response in Escherichia coli. Current Microbiology. 57:521–526 (2008)
14. Ming Ni, Si-Yuan Wang, Ji-Kun Li, Qi Ouyang. Simulating the temporal modulation of inducible DNA damage response in Escherichia coli. Biophysical Journal. 93: 62-73 (2007)
专利
1. 基因测序反应平台、测序芯片及相关方法、系统
2. 手柄装置、定位装置、加载装置及基因测序仪
3. 一种微流控芯片及其制备方法和DNA合成方法
4. 一种生物芯片及其制备方法与应用
5. 超分辨成像系统与方法、生物样品识别系统与方法、核酸测序成像系统与方法及核酸识别系统与方法
6. 用于检测核酸空间信息的阵列及检测方法
7. 低温存储系统
8. 合成装置、合成仪及合成方法
9. 用于合成具有预先确定的序列的核酸的方法
10. DNA样品加载设备、基因测序系统和DNA样品加载方法
11. 基因测序芯片及其安装框
12. 光学成像系统、成像检测系统与方法及基因测序方法
13. 核酸测序方法
14. 基因测序反应设备、基因测序系统和基因测序反应方法
15. 基因测序反应设备和基因测序系统
16. 加载装置、加载方法及基因测序系统
17. 一种表面修饰的玻璃片及其制备方法与应用
18. 换液装置、基因测序仪
奖项
1. 用于检测DNA片段的碱基序列的微流控芯片-中国专利优秀奖
2. 湖北省科技进步二等奖
3. 文章《Chamaeleo： DNA存储碱基编解码算法的可拓展集成与系统评估平台》入选中国生物工程学会会刊2022年度优秀论文
其他成就
1.2019-2021年度青岛西海岸新区劳动先模人物
2.深圳市海外高层次C类人才
